Nacque nei pressi di Crevalcore, in provincia di Bologna, nel 1628 e mori a Roma nel 1694. Conseguì nel 1653 la laurea in medicina presso l’Università di Bologna, dove iniziò ad insegnare nel 1656. Da Bologna passò ad insegnare medicina teorica a Pisa, dove divenne amico di Giovanni Alfonso Borelli, uno dei massimi scienziati di ispirazione galileiana e fondatore della iatromeccanica. L’incontro con Borelli fu determinante per Malpighi che alle concezioni di Borelli ispirò tutta la sua attività di ricercatore e di teorico.

Nel 1659 dovette rientrare a Bologna ove pubblicò, nel 1661, in due lettere indirizzate a Borelli le sue scoperte sulla struttura dei polmoni dei quali- osservando al microscopio polmoni di rana -vide la struttura vescicolare degli alveoli, capillari sanguigni e le anastomosi artero-venose, dando, in tal modo, la dimostrazione sperimentale della circolazione del sangue, la gloriosa scoperta di William Harvey, avviando a definitiva soluzione il problema della respirazione.
Amareggiato dalle spesso maligne polemiche di alcuni colleghi, in particolare di Giovanni Gerolamo Sbaraglia, abbandonò Bologna per passare all’Università di Messina. Ma nel 1669 tornò a Bologna ed in quello stesso anno divenne membro della Royal Society, che aveva già pubblicato alcune sue opere. Espresse la sua gratitudine alla grande Accademia inviando alcuni dei suoi più importanti scritti. Nel 1691 si trasferì a Roma, chiamatovi come Archiatra pontificio dal papa Innocenzo XII. Ma dopo tre anni il grande scienziato morì di apoplessia.

Considerato il creatore dell’anatomia microscopica, gettò le basi della fisiologia moderna con le sue scoperte e con le sue genialissime interpretazioni delle ghiandole; diede un impulso determinante agli studi della fibrina, scoprendo la struttura fibrosa del coagulo sanguigno; scoprì i globuli rossi del sangue, anche se non ne seppe dare un’interpretazione corretta.

Fondamentali furono, per la patologia umana, le sue ricerche sulla patologia vegetale; i suoi studi sulle calcificazioni dell’aorta, sulle anomalie dell’apparato genitale e sulle alterazioni delle ghiandole ecc., gettarono le fondamenta dell’anatomia patologica che, attraverso il Valsalva, suo discepolo, avrebbe trovato nel Morgagni il suo creatore.
Non basta: i suoi studi sulla formazione del pulcino nell’uovo ne fanno il padre dell’embriologia moderna e contemporanea; scoprì i glomeruli renali, i corpuscoli della milza, il corpo mucoso della pelle, oltre ad innumerevoli altre scoperte ed osservazioni minori, ma non meno importanti per la storia della medicina e della biologia moderne.
Per l’acutezza delle osservazioni, per l’importanza delle scoperte, per la genialità interpretativa, Malpighi è considerato uno dei genì più grandi che abbiano mai illustrato la storia della medicina e della biologia, che, senza di lui, non avrebbero mai raggiunto i livelli ai quali oggi si collocano.