Nel 1600 la legislazione sanitaria, oltre ad occuparsi dei problemi di igiene riguardanti le “pestilenze”, che anche in questo secolo continuarono a manifestarsi in forma molto gravi in diverse nazioni, incominciò ad interessarsi anche di igiene militare e del lavoro e di medicina legale.
Il termine “pestilenza” mantenne anche in questo secolo il significato di “manifestazione morbosa a carattere epidemico e eziologia di origine diversa” e nonostante l’epidemiologia cominciasse a risentire teoricamente dell’inizio della dottrina microbica, si continuò sempre a credere ai veleni pestilenziali, ai miasmi e alla corruzione dell’aria e dell’acqua come possibili cause delle malattie epidemiche.
Tra le pestilenze più gravi comparse nel 1600 sono da ricordare quella scoppiata nel milanese nel 1629 descritta dal Manzoni nei Promessi Sposi, che causò la morte di 90.000 persone. Purtroppo, anche i mezzi di difesa contro questi terribili flagelli rimasero quelli dei secoli precedenti: l’uso di grandi fuochi e delle fumigazioni con sostanze odorose, la quarantena delle navi provenienti da luoghi infetti, l’isolamento dei malati, la distruzione col fuoco delle masserizie infette.
In questo secolo venne introdotto anche in Italia l’uso già vigente in Francia di far vestire i medici con una lunga veste cerata munita di cappuccio con vetri ai buchi per gli occhi. Questo costume era completato da una maschera munita sul davanti da un lungo nastro continente spugna imbevuta di sostanze odorose.
Continuò inoltre persistere il ricorso a pratiche religiose, come preghiere, processioni pratiche magiche.
Nel Seicento si continuò sempre a credere ai veleni pestilenziali, ai miasmi e alla corruzione dell’aria e dell’acqua come possibili cause delle malattie epidemiche
Nel 1600 per merito principalmente di due medici italiani, Orazio Monti di Firenze (vissuto tra la fine del 1500 e la prima metà del 1600) e Antonio Porzia (1639 – 1723) di Positano, nacque l’igiene militare. Infatti, nelle opere scritte da questi due medici sull’argomento, sono riportate le istruzioni per mantenere l’igiene degli accampamenti nonché le norme per l’approvvigionamento idrico, ma anche i mezzi per accertarsi della potabilità delle acque e la composizione delle razioni alimentari così come la descrizione delle malattie castrensi e la loro cura. Viene anche affrontato il delicato problema dei rapporti sessuali, piaga che affliggeva gli eserciti e che fu risolto facendo viaggiare al seguito dei soldati uno stuolo di prostitute.