Nel Seicento, insieme a Malpighi, nel campo dell’anatomia microscopica occupa un posto molto importante l’olandese Antoni van Leeuwenhoek (1632-1723) lo scopritore del microscopio formato da una sola lente biconvessa, che si dedicò a questo studio come svago, essendo egli stato dapprima commerciante, poi dopo aver conseguito il diploma di geometra, uno “stazzatore divini”, ossia un controllore delle misure di capacità.
Sebbene alcuni filosofi sperimentali fossero artigiani altamente qualificati, proprio come van Leeuwenhoek, alcuni fossero cortigiani e gentiluomini che disponevano di mezzi propri, soprattutto in Inghilterra, la maggior parte di essi apparteneva alle professioni liberali, così denominate perché a chi le praticava era richiesto un qualche tipo di preparazione istituzionalizzata nelle arti liberali e nelle scienze.
L’unico artigiano che ebbe un ruolo importante nella Rivoluzione scientifica fu proprio il mercante olandese, trasformatosi in molatore di lenti, Antoni van Leeuwenhoek.
Storicamente, le strade possibili erano tre, la Chiesa, la legge e la medicina, anche se tra quelli che praticavano la medicina soltanto i dotti medici laureati erano affidabili: chirurghi e speziali, che di solito erano sottoposti a un apprendistato e spesso sfuggivano allo studio teorico, erano generalmente considerati artigiani.
Preparando lui stesso le lenti, fabbricò numerosi microscopi (pare fossero oltre duecento) con i quali realizzò scoperte di grande portata, poiché i suoi microscopi permettevano un ingrandimento e una chiarezza di visione molto superiore a quella degli altri microscopi allora in uso. 
Ampliando l’opera del Malpighi, van Leeuwenhoek perfezionò la conoscenza dei globuli rossi e dei capillari che riuscì osservare nella coda del pesce e sembra anche nell’uomo, nel 1673, attraverso l’adozione di uno speciale dispositivo.
Descrisse inoltre la striatura trasversa delle fibre muscolari, la costituzione lamellare del cristallino, la struttura della pelle e dei nervi, la conformazione dell’occhio composto degli insetti e gran parte di quella fauna minuscola che popola gli stagni.
Il suo massimo merito in campo medico è stato quello di aver osservato per primo i batteri e protozoi. Fu anche ridicolizzato dai suoi contemporanei per la sua scoperta degli spermatozoi, alla fine degli anni Settanta: la maggior parte dei filosofi sperimentali rifiutava di credere che quegli animalcula simili a girini, che sosteneva di aver trovato in sospensione nello sperma maschile, avessero qualcosa a che fare con la riproduzione.
Van Leeuwenhoek fu un geniale autodidatta ma non viene considerato un vero e proprio scienziato essendogli mancata una adeguata preparazione teorica; ma com’è stato fatto, è giusto definirlo un «curioso della natura» che, servendosi del microscopio, osservò e descrisse cose mai viste in precedenza.
Per i suoi meriti nell’anatomia microscopica, fu nominato nel 1680 socio della Royal Society di Londra e nel 1697 membro dell’Accademia delle Scienze di Parigi. Di cultura molto limitata, ignorava qualsiasi lingua di fuori della propria, l’olandese, che utilizzò per descrivere in 192 lettere tutte le sue scoperte, che poterono giungere alla Royal Society soltanto attraverso la traduzione di Robert Hooke e di Oldenburg. In seguito queste lettere sono state tradotte in latino e raccolte in un libro intitolato «Arcana Naturae» pubblicato nel 1695.