Dopo la rivoluzione scientifica nel XVII secolo, i primi fisici della medicina svilupparono un approccio puramente meccanicistico alla fisiologia, mentre altri applicarono idee derivate dalla fisica nello sforzo di comprendere la natura stessa della vita. La secolarizzazione medica che si sviluppa in Europa dal XVI secolo consente al corpo umano di essere considerato come un essere fisico autonomo. Di conseguenza, la medicina cerca di spiegare la malattia e la salute attraverso le regole generali della meccanica e della chimica. Lo sviluppo dei sistemi medici – visto in termini delle due principali teorie della iatrochimica e della iatrofisica, era incentrato sul problema del controllo degli oggetti viventi.
Già durante intorno al 1650 le scoperte anatomiche post-vesaliane portarono alla luce un grave difetto nella spiegazione antica della digestione del cibo e della sua conversione in sangue negli animali. Galeno aveva dato il primato al fegato come organo principale di sanguinamento. Le nuove scoperte rivelarono che non vi era alcuna via diretta dal duodeno al fegato e che l’assorbimento dei materiali nutrizionali comportava, tra le altre considerazioni, un insieme di vasi finora sconosciuto. A Thomas Bartholin (1614-80) è associata la scoperta del sistema linfatico, mentre a Jan Baptist van Helmont (1579-1644) sono attribuiti alcuni studi che andavano contro le correnti concezioni galeniche.
Van Helmont – da fervente chimico – credeva nella presenza di un “solvente universale” a cui attribuiva il potere di sciogliere qualsiasi materiale, separando i suoi componenti essenziali e ritirandosi immediatamente dopo aver compiuto il suo compito, pronto a riprenderlo ancora una volta. Queste formule erano usate come medicinali per varie malattie e alcuni studiosi del Seicento cercavano di spiegare le funzioni del corpo attraverso l’utilizzo di sostanze simili ma naturali.
É nel 1630 che Jan Baptist van Helmont (1578-1644) definisce il diabete una malattia del sangue, che descrive talvolta lipemico. Van Helmont è riconosciuto quale primo misuratore del peso specifico nell’analisi dell’urina. Van Helmont teorizza inoltre la presenza di tre tipi di entità nel corpo umano: gli archei, ovvero i principi spirituali che danno la vita ai vari organi; il gas, termine coniato dallo stesso scienziato belga, che rappresenta la materia aeriforme derivante dai processi fermentativi che si svolgono nell’organismo; il blas, cioè il movimento che accompagna ogni trasformazione di energia.
Nel 1690, in Italia, Giovan Battista Volpini (Asti, 1644-1724), sviluppa la iatrochimica, dando rilevanza all’importanza della chimica nella biologia. Con queste premesse la iatrochimica (fondata da Paracelso) può a buon diritto essere considerata l’antecendente della biochimica moderna.