Il Seicento è caratterizzato dalla fioritura delle Accademie scientifiche, che si posero accanto a quelle letterarie e filosofiche, sorte in epoche precedenti.
La filosofia naturale, la matematica e la medicina sono presenti nelle attività di alcune accademie cinquecentesche come l’Accademia degli Infiammati attiva a Padova tra il 1540 e il 1550 e l’Accademia Fiorentina creata dal granduca di Toscana Cosimo I (1519-1574) nel 1541.Ma è nel 1603 che viene fondata da Federico Cesi a Roma la prima accademia di carattere eminentemente scientifico d’Europa, l’Accademia dei Lincei, che stabilirà rapporti molto stretti con medici e naturalisti napoletani, in particolare con Giovanni Battista Della Porta, che ne diverrà uno dei primi membri.
Il motivo che diede vita alle accademie è individuato nel comune desiderio di affrontare problemi di difficile soluzione, riguardanti qualsiasi campo della scienza, con spirito libero da legami con la dottrina dogmatica – ancora molto influente nelle Università – e libero da pregiudizi, soprattutto religiosi. Va però detto che in Italia le accademie non ebbero rapporti di competizione o conflittuali con le università: spesso infatti la partecipazione a un’accademia si accompagnava a (o addirittura poteva favorire) un insegnamento universitario. La partecipazione alle accademie non era dettata solo da motivi di carattere intellettuale, ma spesso anche dalla convinzione che l’accademia potesse conferire prestigio, vantaggi professionali e offrisse opportunità di carriera, nonché mezzi e protezione per pubblicare le proprie opere.
Piuttosto, all’inizio le accademie, in particolare in Italia, si trovarono di fronte ad una forte opposizione da parte della Chiesa cattolica, che temeva ripercussioni rispetto alle idee progressiste sostenute in tali consessi.
Molte accademie scientifiche italiane furono legate alle corti, alle loro dinamiche e alle mutevoli vicende politiche e dinastiche delle signorie; tutte dipesero da principi o da singole personalità di prestigio, che ne furono animatori e finanziatori.
Mutando la situazione storica, però, anche la Chiesa, da ostile, divenne vero e proprio appoggio e in alcuni casi di verificò la fondazione di esse da parte di alcuni cardinali, come in Francia dove nel 1635 il cardinale Richelieu fondò l’Accademia francese.
Fra le numerose Accademie da ricordare, la già citata Accademia dei Lincei, che vantava una rete di contatti tra studiosi italiani ed europei con incontri periodici, oltre a naturalisti e illustri scienziati, tra cui Galileo
che ne divenne Socio nel 1611. Gli interessi scientifici degli Accademici erano rivolti alla botanica, alla chimica, alla matematica, all’astronomia e alla medicina, ma anche alla filosofia. In virtù dei legami di Cesi con la Curia romana, gli Accademici dei Lincei cercarono, ma invano, che venissero accettate le teorie sostenute da Galileo e dopo la morte prematura di Cesi, nel 1630, l’Accademia si dissolse rapidamente. Riprese tuttavia la sua attività nel 1847 e, dopo varie vicissitudini, nel 1946 è tornata a chiamarsi Accademia Nazionale dei Lincei.
Un’altra Accademia scientifica italiana fu quella del Cimento, detta anche Accademia del Principe Leopoldo, che fu istituita nel 1657 a Firenze per volontà appunto di Leopoldo dei Medici e del fratello Ferdinando.
Le Accademie scientifiche del ‘600 erano caratterizzate per l’impegno su ricerche di tipo sperimentale, nonché collaborazioni tra scienziati attraverso incontri e anche pubblicazioni su riviste periodiche.